投球しすぎて肩や肘が痛くなることはよくあります。原因としては肩や肘の関節の中が傷んでいる場合と、全身特に股関節が硬いせいで、肩や肘に負担がかかっていることで痛みがでている場合とがあります。多くの場合は後者で、これはストレッチやマッサージなどのリハビリでよくなりますが、肩や肘の関節の中が傷ついている場合は、手術が必要になる場合があります。最近では関節鏡といって、小さく切って関節にカメラを入れて、筋肉をあまり痛めずに手術することができるようになっています。野球に詳しい整形外科スポーツ医に相談することをお勧めします。