こども支援施設は身体に障がいがある子どもの療育を支援する施設です。医療・リハビリ･看護・生活指導などの専門スタッフがスクラムを組んで、子ども一人ひとりの全人格的な成長や発達を目指し、支援しています。就学児童を中心に医療・生活指導を行い、学校教育（高松養護学校）と連携しています。障がいの状況や手術等で学校への通学が難しい子ども達のためにベッド学級、施設内学級もあります。また、在宅支援として短期入所・日中一時支援事業を行っています。